Os principais projectos da SPE são:

TNC1 - Cadastro Espeleológico Nacional.

TNC2 - Espeleometria e espeleogénese das cavidades mais profundas de Portugal.

TNC3 - Espeleometria e espeleogénese das cavidades mais extensas de Portugal.

TNC4 - Espeleometria e espeleogénese dos grandes volumes subterrâneos de Portugal.

TNC5 - Cavidades freáticas (activas e fósseis) de Portugal.

PMS1 - Actualização da prospecção da vertente ocidental do Planalto de S. Mamede.

PMS2 - Geologia e geomorfologia da Gruta da Nascente do Almonda.

PMS3 - Galeria da Falha da Gruta de Moinhos Velhos.

PSA1 - Estudo espeleológico da área de recarga próxima da Nascente de Vila Moreira.

PSA2 - Desobstrução da Nascente de Vila Moreira.

PSA3 - Estudo espeleológico da extremidade setentrional do Planalto de Santo António.

PSA4 - Gruta da Cova da Velha.

PAV1 - Grutas do Polje de Alvados.

PMD1 - Gruta do Regatinho.

PMD2 - Desobstrução dos sumidouros do Polje de Minde.