O ano hidrológico 2008-09 coincidiu com o 60º Aniversário da SPE e com a ênfase colocada na exploração subaquática do sistema. Dezoito anos depois dos mergulhos de 1991, o Labirinto voltou a ser bombeado e mergulhado a partir do Sifão das Areias. Com o apoio das Grutas de Mira de Aire, S.A. e da Universidade de Lisboa foi projectado dar seguimento ao plano de trabalhos dos anos anteriores, conciliando exploração na zona inundada e na zona intermédia do sistema, apesar das chuvas tardias do início do verão não deixarem prever um êxito semelhante ao de 2007.